Les Églises mennonites appartiennent à la famille des Églises protestantes. Elles sont apparues en même temps que la Réforme de Luther, en Allemagne, aux Pays-Bas, en Alsace et en Suisse, au début du XVIème siècle. Comme les autres Églises protestantes, elles ont mis l'accent sur la lecture directe de la Bible par les fidèles et sur des formes de culte plus dépouillées que ce qui se pratiquait à l'époque.

La spécificité des Églises mennonites, issues du mouvement anabaptiste parfois qualifié de Réforme radicale, a été d'insister sur une démarche personnelle de choix de la part du croyant. C'est pourquoi elles ne baptisent que des adultes. Elles ont encouragé aussi leurs membres à pratiquer autant que possible la non-violence et ont favorisé la participation de tous, sans distinction entre clercs et laïcs, à une vie de simplicité, de partage et de prière. Elles ont ainsi été les premières « Églises de professants », forme de l'Église des premiers siècles après Jésus-Christ.
Le mouvement anabaptiste a été, selon certains historiens, précurseur de la modernité par son refus de la fusion Église-État qui prévalait alors. L'appellation « mennonite » provient de Menno Simons, prêtre néerlandais passé à la Réforme.
Le refus de porter l'arme, voire dans certains cas d'endosser la religion du prince local, a exposé ces Églises à de nombreuses persécutions. Elles se sont alors repliées dans des zones de tolérance : en Hollande et en Allemagne du Nord. Dans certains cas, elles ont été tolérées dans des zones agricoles non défrichées qu'elles mettaient en valeur, en Suisse, en Allemagne du sud ou en Ukraine.
L'implantation française s'est, pendant plusieurs siècles, concentrée en Alsace, et, au fil des ans, ceux qui n'émigraient pas firent des concessions à la société du temps pour pouvoir être acceptés.

Au XXème siècle, dans un contexte de tolérance et de séparation de l'Église et de l'État, les choses sont devenues plus faciles pour les Églises mennonites. Elles s'inscrivent aujourd'hui dans la mouvance « évangélique » constituée d'Églises baptistes, méthodistes, etc. issues de renouveaux. Les Églises mennonites en France ont développé des institutions sociales depuis la Seconde Guerre mondiale : maisons d'accueil pour personnes handicapées et Centres d'Aide par le Travail, foyers pour enfants et adolescents en difficultés, résidences pour personnes âgées ou personnes marginalisées...

Il y a en France 31 Églises locales pour un total de 2100 membres. Dans le monde, les mennonites comptent 1,3 million de membres répartis dans 51 pays sur 6 continents.